1999年から2008年までの全国選抜高等学校野球大会出場校は以下の通りです。
平成11年第71回大会：出場なし
平成12年第72回大会：智弁和歌山 偏差値60
平成13年第73回大会：南部偏差値31
平成14年第74回大会：智弁和歌山
平成15年第75回大会：智弁和歌山
平成16年第76回大会：出場なし
平成17年第77回大会：市和歌山商偏差値43
平成18年第78回大会：智弁和歌山
平成19年第79回大会：県和歌山商偏差値45
平成20年第80回大会：智弁和歌山
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